オタク系自衛官・伊丹耀司の活躍により《門》が再開されたことを受け、日本政府は自衛隊を動員し、特地との関係強化を図ろうとしていた。一方、特地調査任務で各地を巡回していた海上自衛隊の江田島五郎一佐と凄腕シェフの徳島一曹は、拉致されたアメリカ人ジャーナリスト奪還の特命を受ける。二人はおやしお型潜水艦に乗り込み、異世界の海へと漕ぎ出す！