突如として人間が巨大化し、暴れ回るという謎の現象が至る所で目撃されるようになった世界。そんな混乱の中、魔法少女が現れ、巨人たちと戦い、人々に希望を与えた。ある日、怪物に襲われていた少年、平賀源大は、魔法少女と出会う。その時、背後から戦う彼女の尻に、源大は心を奪われてしまう。それから5年後、化学をこよなく愛する発明好きの少年に成長した源大。魔法少女への抑えきれない愛ゆえに、男娘となり、科学の力で魔法少女として戦う。彼は今もなお、自分を救ってくれたあの魔法少女を探し求めている……。これは、魅惑の尻を持つ魔法少女を探し求める源大の戦いの物語である。